O PPGESA possui 2 disciplinas obrigatórias e o aluno precisa de, no mínimo, mais 5 disciplinas optativas para completar os créditos em disciplinas, os quais totalizam 24.
1) Seminário de Pesquisa
2) Hidráulica Aplicada ao Saneamento
3) Eficiência Hidroenergética nos Sistemas de Saneamento
4) Gerenciamento de Resíduos Sólidos
5) Licenciamento e Monitoramento Ambiental
6) Métodos Quantitativos
7) Modelagem e Simulação de Processos em Hidráulica e Saneamento
8) Metodologia Científica e Normalização
9) Operação, Controle e Monitoramento de ETE, ETA e UGL
10) Planejamento e Gestão de Sistemas de Saneamento
11) Processos Biológicos de Tratamento de Águas Residuárias
12) Produção de Biocombustível a Partir de Resíduos
13) Projeto de Rede de Sistema de Abastecimento de Água Potável
14) Projetos de Drenagem Urbana
15) Saneamento Básico
16) Tratamento Físico e Físico-Químico de Águas Residuárias
17) Tratamento de Efluentes Líquidos
18) Tratamento de Águas
19) Técnicas Laboratoriais para Controle de ETE, ETA e UGL
20) Tópicos Especiais I
21) Tópicos Especiais II